劉仁軌字正則、汴州尉氏人。少貧賤、好學。值亂、不能安業、每動止、畫地書空、寓所習、卒以通博聞。武德初、河南道安撫大使任瓌上疏有所論奏、仁軌見其稾、爲竄定數言。瓌驚異、赤牒補息州參軍。轉陳倉尉。部人折衝都尉魯寧者、豪縱很法、縣莫敢屈。仁軌約不再犯、而寧暴橫自如、仁軌榜殺之。州以聞、太宗曰「尉而殺吾折衝、可乎」召詰讓。仁軌對曰「寧辱臣、臣故殺之。」帝以爲剛正、更擢咸陽丞。
貞觀十四年、校獵同州。時秋斂未訖、仁軌諫曰「今茲澍澤霑足、百穀熾茂、收纔十二。常日贅調、已有所妨。又供獵事、繕橋治道、役雖簡省、猶不損數萬。少延一旬、使場圃畢勞、陛下六飛徐驅、公私交泰。」璽書褒納。拜新安令、累遷給事中。爲李義府所惡、出爲青州刺史。顯慶五年、伐遼、義府欲斥以罪、使督漕、而船果覆沒。坐免官、白衣隨軍。
初、蘇定方既平百濟、留郎將劉仁願守其城、左衞中郎將王文度爲熊津都督、撫納殘黨。文度死、百濟故將福信及浮屠道琛、迎故王子扶餘豐立之、引兵圍仁願。詔仁軌檢校帶方州刺史、統文度之衆、幷發新羅兵爲援。仁軌將兵嚴整、轉鬬陷陣、所向無前。信等釋仁願圍、退保任存城。既而福信殺道琛、幷其衆、招還叛亡、勢張甚。仁軌與仁願合、則解甲休士。時定方伐高麗、圍平壤不克。高宗詔仁軌拔軍就新羅與金法敏議去留計。將士咸欲還、仁軌曰「春秋之義、大夫出疆、有可以安社稷便國家者、得專之。今天子欲滅高麗、先誅百濟、留兵鎮守、制其心腹。雖孽豎跳梁、士力未完、宜厲兵粟馬、乘無備、擊不意、百下百全。戰勝之日、開張形勢、騰檄濟師、聲援接、虜亡矣。今平壤不勝、熊津又拔、則百濟之燼復炎、高麗之滅無期。吾等雖入新羅、正似坐客、有不如志、悔可得邪。扶餘豐猜貳、表合內攜、勢不支久。宜堅守伺變以圖之、不可輕動。」衆從其議、乃請益兵。
時賊守真峴城、仁軌夜督新羅兵薄城扳堞、比明、入之、遂通新羅饟道。而豐果襲殺福信、遣使至高麗、倭丐援。會詔遣右威衞將軍孫仁師率軍浮海而至、士氣振。於是、諸將議所向、或曰「加林城水陸之衝、盍先擊之？」仁軌曰「兵法避實擊虛。加林險而固、攻則傷士、守則曠日。周留城、賊巢穴、羣凶聚焉。若克之、諸城自下。」於是仁師、仁願及法敏帥陸軍以進。仁軌與杜爽、扶餘隆繇熊津白江會之。遇倭人白江口、四戰皆克、焚四百艘、海水爲丹。扶餘豐脫身走、獲其寶劍。偽王子扶餘忠勝、忠志等率其衆與倭人降、獨酋帥遲受信據任存城未下。始、定方破百濟、酋領沙吒相如、黑齒常之嘯亡散、據險以應福信、至是皆降。仁軌以赤心示之、畀取任存自効、卽給鎧仗糧糒。仁師曰「夷狄野心難信、若受甲濟粟、資寇便也。」仁軌曰「吾觀相如、常之忠而謀。因機立功、尚何疑？」二人訖拔其城。遲受信委妻子奔高麗、百濟餘黨悉平。仁師等振旅還、詔留仁軌統兵鎮守。
百濟再被亂、殭屍如莽、仁軌始命瘞埋弔祭焉。葺復戶版、署官吏、開道路、營聚落、復防堰、賑貧貸乏、勸課耕種、爲立官社、民皆安其所。遂營屯田、以經略高麗。仁願至京師、帝勞曰「若本武將、軍中奏請、皆有文理、何道而然？」對曰「仁軌之辭、非臣所能。」帝歎賞之、超進仁軌六階、真拜帶方州刺史、賜第一區、厚賚妻子、璽書褒勉。
先是、貞觀永徽中、士戰歿者皆詔使弔祭、或以贈官推授子弟。顯慶後、討伐恩賞殆絕。及破百濟平壤、有功者皆不甄敍。州縣購募、不願行、身壯家富者、以財參逐、率得避免。所募皆儜劣寒憊、無鬬志。仁軌具論其弊、請加慰賚、以鼓士心。又表用扶餘隆、使綏定餘衆。帝乃以隆爲熊津都督。
時劉仁願爲卑列道總管、詔率兵度海、使代舊屯、與仁軌俱還。仁軌曰「上巡狩方岳、又經略高麗。方農時、而吏與兵悉被代、新至者未習、萬一蠻夷生變、誰與捍之？不如留舊兵畢穫、等級遣還。仁軌當留、未可去。」仁願不可、曰「吾但知準詔耳。」仁軌曰「不然。苟利國家、知無不爲、臣之節也。」因陳便宜、願留屯。詔可。由是以仁願爲不忠。
始、仁軌任帶方州、謂人曰「天將富貴此翁邪」乃請所頒曆及宗廟諱、或問其故、答曰「當削平遼海、頒示本朝正朔。」卒皆如言。及封泰山、仁軌乃率新羅、百濟、儋羅、倭四國酋長赴會。天子大悅、擢爲大司憲。遷右相、兼檢校太子左中護。累功封樂城縣男。
總章元年、爲熊津道安撫大使、兼浿江道總管、副李勣討高麗、平之。以疾辭位、進金紫光祿大夫、聽致仕。俄召爲隴州刺史、拜太子左庶子、同中書門下三品。監脩國史。咸亨五年、爲雞林道大總管、東伐新羅。仁軌率兵絕瓠蘆河、攻大鎮七重城、破之。進爵爲公、子及兄子授上柱國者三人、州黨榮之、號所居爲「樂城鄉三柱里」、俄拜尚書左僕射兼太子賓客、仍知政事。
吐蕃入寇、命爲洮河道行軍鎮守大使。永隆二年、加太子少傅。數乞骸骨、聽解左僕射。帝幸東都、太子監國、詔仁軌與裴炎、薛元超留輔。及太子赴東都、又詔太孫重照留守、仁軌副之。武后臨朝、復拜左僕射。太孫廢、仁軌專知留守事。上疏辭疾、因陳呂后、祿、產禍敗事以規后。后遣武承嗣齎璽書慰勉。改文昌左相、同鳳閣鸞臺三品。卒年八十五。詔百官赴哭、冊贈開府儀同三司、幷州大都督、陪葬乾陵。賜其家實封三百戶。
仁軌雖貴顯、不自矜踞、接舊故如布衣時。嘗爲御史袁異式所劾、慢辱之、脅使引決。及拜大司憲、異式尚在臺、不自安、因醉以情自解。仁軌持觴曰「所不與公者、有如此觴。」後既執政、薦爲司元大夫。然宦由州縣至宰輔、善致聲譽、得吏下歡心。及鎮洮河、奏請機急、多爲中書令李敬玄抑卻、仁軌乃表敬玄爲帥以代己、果覆其衆。裴炎下獄、仁軌方留守京師、郎將姜嗣宗以使來、因語炎事、且曰「炎異於常久矣。」仁軌曰「使人知邪？」曰「知。」及還、表嗣宗知炎反狀不告。武后怒、拉殺之。
子濬、官太子舍人。垂拱中、爲酷吏所殺。中宗卽位、以仁軌有東宮舊、再贈司空。濬子晃、開元中、爲給事中、表請立碑、追謚曰文獻。